N6 -甲基腺嘌呤(N6-Methyladenosine, m6A)是非常豐富的轉(zhuǎn)錄組修飾之一，在幾乎所有生命的細胞RNA中都有發(fā)現(xiàn)，普遍分布在mRNA和lncRNA在3’UTR區(qū)域中。m6A功能非常豐富，包括調(diào)節(jié)RNA的剪接、核輸出、穩(wěn)定性和翻譯來影響RNA的命運和表達，也因此成為近年來國內(nèi)外的研究熱點，國自然的研究數(shù)目屢屢攀高。為了滿足廣大科研工作者的需求，艾斯基因推出微量以及常量m6A甲基化免疫沉淀測序（m6A Methylation Immunoprecipitation Sequencing，m6A MeRIP-seq），在全基因組范圍內(nèi)鑒定具有m6A修飾的區(qū)域。其原理為通過特異識別m6A修飾的抗體，對細胞內(nèi)具有m6A修飾的RNA?段進?免疫共沉淀。對沉淀下來的RNA?段進??通量測序，結(jié)合?物信息學(xué)分析，對樣本m6A修飾進?系統(tǒng)研究。MeRIP-seq是?前研究m6A修飾使?較普遍的技術(shù)之?。

重要技術(shù)質(zhì)控，用心服務(wù)每一個項目

艾斯團隊專注表觀組學(xué)12年，提供表觀多組學(xué)完整解決方案；

每年服務(wù)100+海外和國內(nèi)企業(yè)及200+高校和醫(yī)院等客戶;

已經(jīng)完成人、動植物等幾十個物種, 5000+例樣本項目;

嚴格m6A MeRIP建庫質(zhì)控和效率;

自動化樣本處理、建庫及分析流程，保障高效周期，40天極速交付;

團隊已經(jīng)發(fā)表Genome Biol、Nat Commun、Cell Res等高水平SCI文章；

專業(yè)的生物信息分析團隊, 提供更多個性化分析思路和方案

樣品類型和要求

數(shù)據(jù)信息分析

案例1 去甲基化酶ALKBH5通過PKMYT1 m6A修飾抑制胃癌的侵襲

Demethylase ALKBH5 suppresses invasion of gastric cancer via PKMYT1 m6A modification. Mol Cancer 21, 34 (2022) (IF=41.44)

研究方案：胃癌是嚴重危害人類健康的惡性腫瘤之一。胃癌轉(zhuǎn)移是癌癥治療失敗的主要原因之一，但N6 -甲基腺苷(m6A)與胃癌轉(zhuǎn)移的相關(guān)性報道較少。本研究采用Merip-seq檢測胃癌組織和正常組織（各三個重復(fù)）中的m6A修飾變化，qRT-PCR和IHC檢測ALKBH5在胃癌組織和細胞系中的表達，聯(lián)合RNA-seq和MeRIP-qRT-PCR技術(shù)篩選ALKBH5靶基因，后使用RNA Pull Down、質(zhì)譜法和Merip-seq篩選靶基因的“reader調(diào)控蛋白”。

研究亮點：關(guān)聯(lián)m6A和基因表達，鑒定ALKBH5靶基因及靶基因的調(diào)控蛋白

研究結(jié)果：1.胃癌組織中檢測到ALKBH5表達降低，去甲基酶ALKBH5干擾促進胃癌細胞轉(zhuǎn)移。2.鑒定PKMYT1作為ALKBH5的下游靶點，促進了GC的侵襲和遷移。3.由ALKBH5敲低或其去甲基化酶活性突變引起的PKMYT1表達上調(diào)表明ALKBH5以m6a依賴的方式調(diào)節(jié)PKMYT1的表達。4.IGF2BP3通過其m6A修飾位點幫助穩(wěn)定PKMYT1的mRNA穩(wěn)定性

圖1 MeRIP-seq揭示m6A與細胞粘附相關(guān)，ALKBH5與胃癌預(yù)后相關(guān)

案例2 番茄果實膨脹過程中mRNA m6A甲基組的獨特特征

Unique features of mRNA m6 A methylomes during expansion of tomato (Solanum lycopersicum) fruits

研究方案：盡管m6A在胚胎發(fā)育、花期控制、小孢子產(chǎn)生、果實成熟和逆境響應(yīng)等許多生物學(xué)過程中發(fā)揮了重要作用，但其在植物發(fā)育其他方面的作用仍有待探索。該研究通過平行的m6A免疫沉淀測序(m6A-seq)和RNA-seq分析，揭示了m6 A沉積與番茄果實膨脹之間的潛在聯(lián)系，鑒定番茄果實從未成熟綠期向成熟綠期擴展的過程中的m6A水平和基因表達之間的關(guān)系。

研究亮點：多組學(xué)聯(lián)合分析，兩種抑制劑處理，關(guān)聯(lián)表型

研究結(jié)果：1.開花后12，20,28天的番茄果實中全RNA和mRNA的m6A甲基化程度的逐步提升，分別檢測到15720、16547和16381個m6A Peak。2.大量參與生長素和赤霉素信號傳導(dǎo)基因，以及一些與細胞擴增和果皮厚度相關(guān)的基因都含有m6A修飾。3.m6A甲基化轉(zhuǎn)移酶抑制劑DA的注射降低m6A水平，加速果實成熟；去甲基化酶抑制劑MA的注射則延緩果實成熟。

圖二 直接注射m6A轉(zhuǎn)移酶抑制劑或去甲基化酶抑制劑對番茄果實發(fā)育的影響

常見問題

1. 為什么MeRIP-seq需要測兩個樣本（Input和IP）？

常規(guī)m6A MeRIP-seq中Input和IP構(gòu)成一對組合。IP樣品使用m6A抗體特異性富集具有甲基化修飾的RNA，而Input則是僅含有RNA的對照，通過消除背景噪音和峰值PEAK計算，將兩個樣本不同m6A區(qū)域計算出來。

2. MeRIP-seq后續(xù)的實驗怎么安排？

在利用MeRIP-seq得到m6A甲基化差異基因后，下一步可以通過MeRIP-qPCR直接對該基因進行驗證。也可以通過關(guān)聯(lián)多組學(xué)（比如RNA-seq）分析基因表達和m6A修飾的變化，從多方面挖掘分析內(nèi)容。