簡(jiǎn)化甲基化測(cè)序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing,RRBS),
通過(guò)酶切富集啟動(dòng)子及CpG 島區(qū)域,并進(jìn)行Bisulfite 測(cè)序;
作為高性價(jià)比的甲基化研究方法,RRBS在大規(guī)模臨床樣本的研究中具有普遍的應(yīng)用;
在經(jīng)典RRBS基礎(chǔ)上,艾斯基因在國(guó)內(nèi)較早推出強(qiáng)化版 RRBS,助力全基因組甲基化測(cè)序,
可覆蓋全基因組范圍內(nèi)超過(guò)6-9M個(gè)CpG 位點(diǎn),>90%數(shù)量的CpG島及>85%數(shù)量的基因啟動(dòng)子。
重點(diǎn)技術(shù)質(zhì)控,用心服務(wù)每一個(gè)項(xiàng)目
艾斯團(tuán)隊(duì)專注表觀組學(xué)10年,提供專業(yè)有價(jià)值的DNA甲基化完整解決方案;
較早開(kāi)發(fā)RRBS技術(shù)團(tuán)隊(duì)之一, 國(guó)內(nèi)較早推出強(qiáng)化版RRBS服務(wù);
已經(jīng)完成人、哺乳動(dòng)物及魚類等多個(gè)物種, 10000+例樣本項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn);
嚴(yán)格的RRBS技術(shù)質(zhì)控,MSPI酶切率>95%, Bisulfite轉(zhuǎn)化率>99%;
自動(dòng)化樣本處理、建庫(kù)及分析流程,保障高效周期,40天極速交付;
低至10ng建庫(kù),滿足穿刺、流式分選、微切等微量珍貴樣本的研究;
重點(diǎn)團(tuán)隊(duì)在Nature、Epigenetics、DNA Res等雜志發(fā)表多篇SCI論文;
專業(yè)的生物信息分析團(tuán)隊(duì), 提供更多個(gè)性化分析思路和方案。
科學(xué)方案設(shè)計(jì)
從項(xiàng)目方案、樣本處理、建庫(kù)測(cè)序,到數(shù)據(jù)分析;
每個(gè)項(xiàng)目需要專業(yè)、有價(jià)值的建議;及時(shí)高效的溝通,以保障高質(zhì)量研究成果。
樣本類型和要求
樣本類型 | 樣本要求 |
基因組DNA | 總量≥ 1ug; 濃度≥ 30ng/ul; 完整性好; 基于Qubit定量 |
細(xì)胞、全血、動(dòng)物新鮮冷凍組織 | 按照送樣要求準(zhǔn)備 |
備注1:不推薦FFPE、cfDNA等片段化樣本類型; 備注2:不適合植物物種; | |
備注2:用封口膜密封樣品; 干冰運(yùn)輸 |
數(shù)據(jù)分析
RRBS | 分析內(nèi)容 | 備注 |
標(biāo)準(zhǔn)分析 | 1、測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估 | 過(guò)濾掉低質(zhì)量數(shù)據(jù),保證數(shù)據(jù)質(zhì)量 |
2、與參考基因組比對(duì) | 比對(duì)率和覆蓋度分析 | |
3、MSPI酶切及Bisulfite轉(zhuǎn)化率質(zhì)控 | MSPI酶切效率>95%; Bisulfite轉(zhuǎn)化率>99% | |
4、甲基化位點(diǎn)Calling | 評(píng)估胞嘧啶甲基化狀態(tài) | |
5、甲基化分布圖譜分析 | 甲基化在基因組、功能元件上的分布 | |
6、組間差異甲基化DMR分析 | 尋找DMR及注釋 | |
7、差異甲基化基因DMG分析 | DMG富集分析GO,KEGG | |
8、多樣本聚類分析 | PCA分析多樣本甲基化變化規(guī)律 | |
高級(jí)分析 | 9、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析 | 例如與轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析 |
10、其它定制化分析 | 結(jié)合課題背景亮點(diǎn)挖掘 |
簡(jiǎn)化甲基化測(cè)序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing,RRBS),
通過(guò)酶切富集啟動(dòng)子及CpG 島區(qū)域,并進(jìn)行Bisulfite 測(cè)序;
作為高性價(jià)比的甲基化研究方法,RRBS在大規(guī)模臨床樣本的研究中具有普遍的應(yīng)用;
在經(jīng)典RRBS基礎(chǔ)上,艾斯基因在國(guó)內(nèi)較早推出強(qiáng)化版 RRBS,助力全基因組甲基化測(cè)序,
可覆蓋全基因組范圍內(nèi)超過(guò)6-9M個(gè)CpG 位點(diǎn),>90%數(shù)量的CpG島及>85%數(shù)量的基因啟動(dòng)子。
重點(diǎn)技術(shù)質(zhì)控,用心服務(wù)每一個(gè)項(xiàng)目
艾斯團(tuán)隊(duì)專注表觀組學(xué)10年,提供專業(yè)有價(jià)值的DNA甲基化完整解決方案;
較早開(kāi)發(fā)RRBS技術(shù)團(tuán)隊(duì)之一, 國(guó)內(nèi)較早推出強(qiáng)化版RRBS服務(wù);
已經(jīng)完成人、哺乳動(dòng)物及魚類等多個(gè)物種, 10000+例樣本項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn);
嚴(yán)格的RRBS技術(shù)質(zhì)控,MSPI酶切率>95%, Bisulfite轉(zhuǎn)化率>99%;
自動(dòng)化樣本處理、建庫(kù)及分析流程,保障高效周期,40天極速交付;
低至10ng建庫(kù),滿足穿刺、流式分選、微切等微量珍貴樣本的研究;
重點(diǎn)團(tuán)隊(duì)在Nature、Epigenetics、DNA Res等雜志發(fā)表多篇SCI論文;
專業(yè)的生物信息分析團(tuán)隊(duì), 提供更多個(gè)性化分析思路和方案。
科學(xué)方案設(shè)計(jì)
從項(xiàng)目方案、樣本處理、建庫(kù)測(cè)序,到數(shù)據(jù)分析;
每個(gè)項(xiàng)目需要專業(yè)、有價(jià)值的建議;及時(shí)高效的溝通,以保障高質(zhì)量研究成果。
樣本類型和要求
樣本類型 | 樣本要求 |
基因組DNA | 總量≥ 1ug; 濃度≥ 30ng/ul; 完整性好; 基于Qubit定量 |
細(xì)胞、全血、動(dòng)物新鮮冷凍組織 | 按照送樣要求準(zhǔn)備 |
備注1:不推薦FFPE、cfDNA等片段化樣本類型; 備注2:不適合植物物種; | |
備注2:用封口膜密封樣品; 干冰運(yùn)輸 |
數(shù)據(jù)分析
RRBS | 分析內(nèi)容 | 備注 |
標(biāo)準(zhǔn)分析 | 1、測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估 | 過(guò)濾掉低質(zhì)量數(shù)據(jù),保證數(shù)據(jù)質(zhì)量 |
2、與參考基因組比對(duì) | 比對(duì)率和覆蓋度分析 | |
3、MSPI酶切及Bisulfite轉(zhuǎn)化率質(zhì)控 | MSPI酶切效率>95%; Bisulfite轉(zhuǎn)化率>99% | |
4、甲基化位點(diǎn)Calling | 評(píng)估胞嘧啶甲基化狀態(tài) | |
5、甲基化分布圖譜分析 | 甲基化在基因組、功能元件上的分布 | |
6、組間差異甲基化DMR分析 | 尋找DMR及注釋 | |
7、差異甲基化基因DMG分析 | DMG富集分析GO,KEGG | |
8、多樣本聚類分析 | PCA分析多樣本甲基化變化規(guī)律 | |
高級(jí)分析 | 9、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析 | 例如與轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析 |
10、其它定制化分析 | 結(jié)合課題背景亮點(diǎn)挖掘 |
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