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DNA甲基化+轉(zhuǎn)錄（WGBS/RRBS+RNA-seq）

全基因組甲基化測(cè)序通常有WGBS和EM-seq應(yīng)用方向

參數(shù)日期：2024-02-20 16:10:57

新聞信息

日期：2024-02-20 16:10:57

作者：深圳市艾斯基因科技有限公司

分類：DNA甲基化+轉(zhuǎn)錄（WGBS/RRBS+RNA-seq）

來(lái)源：tools.zzxczkyy.cn

瀏覽量：1019

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DNA甲基化+轉(zhuǎn)錄（WGBS/RRBS+RNA-seq）

全基因組甲基化測(cè)序通常有WGBS和EM-seq應(yīng)用方向

日期：2024-02-20 16:10:57

作者：深圳市艾斯基因科技有限公司

分類：DNA甲基化+轉(zhuǎn)錄（WGBS/RRBS+RNA-seq）

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RRBS+RNA-seq（項(xiàng)目文章）

C100大樣本甲基化隊(duì)列研究千萬(wàn)資助計(jì)劃

全基因組甲基化測(cè)序通常有WGBS（Whole-genome bisulfite sequencing）和EM-seq（Enzymatic Methyl-seq），分別通過(guò)重亞硫酸鹽和酶處理結(jié)合高通量NGS測(cè)序，對(duì)有參考基因組進(jìn)行全基因組的單堿基分辨率的檢測(cè)方案，廣泛用于人、動(dòng)植物、魚類及其他低等物種的全基因甲基化研究。針對(duì)微量樣本建庫(kù)，艾斯基因推出微量WGBS建庫(kù)技術(shù)，提供全類型樣本甲基化解決方案：包括細(xì)胞、全血、新鮮冷凍組織、病理切片F(xiàn)FPE、血漿cfDNA及其它復(fù)雜及微量臨床樣本等。

應(yīng)用領(lǐng)域

疾病機(jī)制研究（臨床樣本）

（艾斯合作文章）

文章標(biāo)題：人類皰疹病毒和感染后前體病變胃組織的基因組結(jié)構(gòu)

技術(shù)平臺(tái)：WGBS、RRBS、WES

樣本類型：25例EBV陽(yáng)性胃癌患者（EBVaGCs）的唾液、胃粘膜、癌前病變和腫瘤組織

研究結(jié)果：通過(guò)全基因組甲基化測(cè)序，發(fā)現(xiàn)正常胃黏膜組織和輕度不典型增生（LD）的甲基化譜較為相似，但兩者與EBVaGCs有顯著差異。相對(duì)于正常組織/LD，EBVaGCs中存在6316個(gè)差異甲基化區(qū)域（DMRs)，其中99.8%處于高甲基化狀態(tài)。在所有高甲基化區(qū)域里，66.44%與啟動(dòng)子區(qū)域重疊。EBVaGCs中Ras GTPase激活蛋白（RasGAP）家族的RASA3、RASA4、RASAL3基因啟動(dòng)子區(qū)域均為高甲基化狀態(tài)，提示這些基因表達(dá)沉默可能會(huì)促進(jìn)Ras的激活從而激活下游PI3K-Akt通路，以進(jìn)一步驅(qū)動(dòng)腫瘤的發(fā)展。

圖1研究流程設(shè)計(jì)

發(fā)育機(jī)制研究（小鼠樣本）

文章標(biāo)題：堿基編輯介導(dǎo)的Dnmt基因家族一步失活揭示了小鼠原腸胚形成過(guò)程中DNA甲基化的關(guān)鍵作用

技術(shù)平臺(tái)：WGBS、RNA-seq、WGS

樣本類型：不同發(fā)育階段的小鼠外胚層細(xì)胞

研究結(jié)果：該研究建立了小鼠受精卵中基于高效胞嘧啶堿基編輯器的多基因同時(shí)敲除系統(tǒng)），并利用IMGZ系統(tǒng)構(gòu)建Tet/Dnmt家族基因多種組合敲除的胚胎，探討早期胚胎發(fā)育中甲基化和去甲基化的作用，發(fā)現(xiàn)DNMT家族蛋白介導(dǎo)的DNA甲基化在小鼠原腸運(yùn)動(dòng)中的重要作用且不依賴于TET蛋白介導(dǎo)的DNA去甲基化的功能。

圖1 篩選高效堿基編輯器并分析其脫靶效應(yīng)

植物機(jī)制研究（植物樣本）

（艾斯合作文章）

文章標(biāo)題：DNA甲基化在核桃與核桃楸亞基因組表達(dá)優(yōu)勢(shì)中的作用

技術(shù)平臺(tái)：WGBS、RNA-seq

樣本類型：核桃和核桃楸的葉片和青果皮

研究結(jié)果：將兩個(gè)物種的基因組劃分為顯性亞基因組（DS）和隨從亞基因組（SS）。將同源基因表達(dá)水平、DNA甲基化修飾水平、基因附近四大類型轉(zhuǎn)座子密度、基因所對(duì)應(yīng)前體mRNA發(fā)生的可變剪接事件進(jìn)行聯(lián)合分析，發(fā)現(xiàn)DNA甲基化修飾可能通過(guò)修飾LTR/TIR/non-TIR這三種類型的轉(zhuǎn)座子、提高對(duì)應(yīng)前體mRNA的可變剪接效率，從而導(dǎo)致同源基因?qū)Φ钠虮磉_(dá)。該研究結(jié)果有助于了解多年生木本植物亞基因組表達(dá)優(yōu)勢(shì)的表觀遺傳學(xué)基礎(chǔ)及環(huán)境適應(yīng)性的分子基礎(chǔ)。

圖1 核桃和核桃楸的亞基因組信息

非常規(guī)物種機(jī)制研究（蟑螂）

（艾斯合作文章）

文章標(biāo)題：5mC修飾通過(guò)防止延長(zhǎng)ftz-f1表達(dá)來(lái)協(xié)調(diào)絨毛膜的發(fā)生和受精

技術(shù)平臺(tái)：WGBS、RNA-seq、NGS-BSP等

樣本類型：德國(guó)小蠊雌性成蟲的六個(gè)組織部位（頭、腿、中腸、卵巢、胸腔和被膜）、第一生殖期(8天)的卵巢、dsCK和dsDnmt1處理后的卵巢組織

研究結(jié)果：Dnmt1的敲除降低了卵巢中5mC的水平，上調(diào)了絨毛膜發(fā)生過(guò)程中的許多基因，尤其是轉(zhuǎn)錄因子ftz-f1。在卵巢卵泡細(xì)胞中，ftz-f1啟動(dòng)子區(qū)域的低甲基化增加并延長(zhǎng)了ftz-f1的表達(dá)，從而導(dǎo)致20-羥基蛻皮激素(20E)水平異常升高和基質(zhì)金屬蛋白酶(Mmp1) 基因的表達(dá)顯著上調(diào)，引起卵泡細(xì)胞的異常、絨毛膜蛋白的缺乏和海綿體的畸形而進(jìn)一步損害絨毛膜的形成和破壞受精。這項(xiàng)研究極大地促進(jìn)了對(duì)DNA 5mC修飾如何調(diào)節(jié)昆蟲雌性生殖的理解。