背景介紹

宏基因組（metagenomics）是一種基因組學(xué)研究方法，用于研究環(huán)境樣品中所有微生物的基因組信息，包括細(xì)菌、真菌、病毒、古菌等。與傳統(tǒng)的基因組學(xué)研究方法不同，宏基因組不需要單獨(dú)分離和純化微生物，而是直接從環(huán)境樣品中提取DNA，并進(jìn)行高通量測(cè)序，從而獲得環(huán)境中所有微生物的基因組序列信息。

宏基因組研究的應(yīng)用非常廣泛，包括環(huán)境監(jiān)測(cè)、生物多樣性研究、疾病診斷、藥物開(kāi)發(fā)等。它可以幫助我們了解微生物的多樣性、分布、功能和相互作用，從而揭示微生物世界中的許多未知領(lǐng)域。

技術(shù)介紹

宏基因組高通量測(cè)序（mNGS）技術(shù)是對(duì)標(biāo)本中全部核酸進(jìn)行高通量測(cè)序，并通過(guò)生物信息學(xué)分析以識(shí)別標(biāo)本中病原體的檢測(cè)方法。

近年來(lái)，mNGS技術(shù)憑借不依賴傳統(tǒng)微生物培養(yǎng)、病原體覆蓋廣及無(wú)須預(yù)先假設(shè)存在的病原體等優(yōu)勢(shì)，已成功應(yīng)用于多種類型臨床感染性疾病的病原體診斷，新發(fā)、突發(fā)傳染病的調(diào)查，耐藥基因檢測(cè)以及宿主免疫應(yīng)答分析等領(lǐng)域

技術(shù)特點(diǎn)

1. 不依賴于傳統(tǒng)培養(yǎng)技術(shù)，可檢測(cè)不可培養(yǎng)微生物物種。

2. 無(wú)PCR偏好性，可檢測(cè)特定環(huán)境重細(xì)菌、真菌、病毒等所有微生物。

3. 不但可獲得菌群物種信息，還可獲得菌群的基因和功能信息。

4. 與擴(kuò)增子測(cè)序相比，可獲得種水平，甚至菌株水平信息。

5. 更加精確解析微生物群落結(jié)構(gòu)與功能。

技術(shù)流程

樣本類型

1.菌體，環(huán)境樣本，DNA 等；

分析流程和結(jié)果

1.測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控；

2.OTU 聚類分析；

3.Alpha 多樣性分析；

4.Beta 多樣性分析；

5.物種分析；

1. 顯著性差異分析

應(yīng)用場(chǎng)景

1. 診斷感染性疾病

2. 檢測(cè)耐藥基因

3. 發(fā)現(xiàn)未知病原體

4. 分析宿主轉(zhuǎn)錄組